行政补偿制度是由财产权的保障和平等原则导出的一种法理。在日本，行政补偿制度既是行政救济法体系，亦是国家补偿法体系的重要组成部分。主要包括损害赔偿的制度；损失补偿的制度；行政不服审查和行政案件诉讼在内的行政争讼制度；行政救济法的主要制度或者核心制度之外的“苦情处理”制度以及行政上调整利害的各种制度。
日本行政补偿的制度定位

在日本，行政补偿制度既是行政救济法体系的重要组成部分，亦是国家补偿法体系的重要组成部分。

行政救济法体系中的行政补偿。《日本国宪法》将国民的权利和自由作为不可侵犯的永久性权利加以保障(序言)，并为贯彻落实该宗旨，针对公务员的不法行为规定了国家或者公共团体(“地方公共团体”即地方政府)的赔偿责任(第17条)，针对因公共目的而利用私有财产的情形规定了必须予以正当的补偿(第29条第3款)。进而，在程序方面，不仅对违法或者不当的行政行为导致的权利侵害可以向行政机关请求救济(行政不服审查)，而且对违法的行政行为导致的权利侵害还可以作为
对公用收用的补偿。第一，从相当补偿说到完全补偿说。最高法院曾经在关于农地改革案件中采取相当补偿说。但那只是农地改革等社会变革(社会化)时期的一个例外。考虑到损失补偿是为了实现公平负担的制度，通常的公用收用等应该要求完全补偿，所以，后来的判例采取了完全补偿说，认为“当因特定的公益上必要的事业收用土地时，为求得因该收用而使该土地所有者等蒙受的特别牺牲的救济，应该进行完全补偿，也就是说，应该予以使收用前后被收用者的财产价格相等的补偿”，土地收用时的补偿金额为“足够被收用者在附近取得与被收用土地同等的代替地所需金额”。localHoST

第二，关于开发利益的规定。为了防止被收用者不当地取得开发利益，法律规定其基准时间为“事业认定公布时”，其后的补偿额，限于事业认定时补偿额乘以物价变动率。就补偿的具体内容来说，因公用收用剥夺了私人财产时，例如，因公共事业，私人的土地、建筑物等所有权及其他具有财产性价值的权利等消灭时，必须支付与该权利的评估价额相符金额的补偿，即给予权利人相当于其被收用剥夺权利价格的补偿。收用上的补偿，是以对权利的完全补偿为其内容的。

第三，通损补偿。通损补偿，即通常损失补偿，是指在收用时，除进行对所收用权利的补偿以外，还必须补偿搬迁费、调查费、营业上的损失等由于收用而通常可能导致权利人蒙受的附带性损失。作为补偿对象的损失，除了由于收用侵害的土地、建筑物的所有权等(权利补偿)之外，还包括搬迁费、营业上的损失等通常可能遭受的附带性损失(通损补偿)。土地收用上的补偿内容，是权利补偿和通损补偿之和。并且，补偿的支付是土地收用的效力要件。

第四，生活补偿(生活再建补偿)。关于水库建设等大规模公共事业对地域社会全体的破坏，除了金钱补偿外，行政机关还应当努力采取基于生活补偿观念的实物补偿(替地补偿等)、公共补偿(公共设施的整备)，采取职业训练和介绍就业等生活重建措施(生活补偿)，确立能够再建地域社会的计划，谋求地域社会的再建(生活再建补偿)。如《都市计划法》、《关于公共用地的取得的特别措施法》等都为行政机关规定了这方面的义务。对残留在该地域者进行的“少数残存者补偿”以及对不得不离职者进行的“离职者补偿”等，都可以作为生活再建补偿的一种类型来把握。
对公用限制的补偿。根据《自然公园法》，都道府县知事未许可在国立公园的特别区域建筑行为，导致计划在该区域建设旅馆的事业者不能进行旅馆营业的损失时，可以说旅馆经营是因国立公园事业这一公益上的要求而受阻，所以，若进行旅馆经营便可以得到的全部利益都应该予以补偿。但是，若采取这种基准的话，补偿的金额往往由权利人的主观计划所左右，若该计划非常庞大，就可能导致要求令人难以想象的高额补偿。这显然是不公平的，是不符合社会公共利益的。公用限制补偿的客观基准是：为了公共事业对他人的财产权赋课不作为义务，即设定公用地役权，补偿的对象是由于该地役权的设定而产生的所有权价值的降低，即应该补偿的金额为由于公用限制而产生的地价降低部分。此外，当因此而发生附带性损失时，该损失的填补也应该作为通常损失补偿，加算在补偿的对象之中。

对撤回占有许可的补偿。从前的损失补偿主要限于公用收用和公用限制领域。当道路、公园、政府办公楼等行政财产的占有许可，由于公共利益上的理由而在使用期间被撤回时，也存在如何进行损失补偿等问题。在撤回中央批发市场内土地使用许可的案件中，下级法院曾作出判决，命令比照公用收用之例，对使用权本身的价值给予补偿。最高法院认为，当行政财产的使用许可因公共利益上的理由被撤回时，原则上没有必要对使用权的丧失进行补偿。不过，因使用权许可被突然撤回，使用权者方面发生的偶发性且不可避免的现实上的损失，却应该成为补偿的对象。

对命令作为、不作为的补偿。被命令设置特定的物件(作为)，或者被停止营业行为(不作为，忍受某种行为)等，判断因此而导致的损失是否需要补偿，可以适用消极目的或者积极目的之基准。[5]

对事业损失的补偿。因实施公共事业而间接地给附近地区的居民带来不利，称为事业损失。以公共之手来填补该损失的制度，称为事业损失补偿制度。实施公共事业之际，虽然没有直接侵害财产权，但是，也可能对其周围带来各种各样的损害。例如，建设了道路、空港、铁道、工厂等，与此相伴的噪音、振动、臭气、阴凉等损害让附近的居民承受。这种损害称为“事业损失”，当其达到一定限度以上时便构成不法行为，因而成为基于《民法》及《国家赔偿法》进行损害赔偿的对象。不过，由于事业本身通常是合法的，所以，以损失补偿的法理来处理这些问题被认为更加适当。

基于结果责任的损失补偿。为了解决以国家赔偿及损失补偿的法制得不到救济的所谓“国家补偿的谷底”的问题，日本在努力扩大国家赔偿范围和损失补偿范围的同时，长期致

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