国务院《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》指出：“建立新的医疗机构分类管理制度。将医疗机构分为非营利性和营利性两类进行管理。国家根据医疗机构的性质、社会功能及其承担的任务，制定并实施不同的财税、价格政策。”
卫生部《城镇医疗机构分类登记暂行规定》第六条规定：核定为营利性医疗机构的，还应按照有关企业单位登记有关问题的通知》规定了“为做好城镇非营利性医疗机构的登记管理工作，根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》和《医疗机构管理条例》，各类城镇非营利性医疗机构(政府举办的非营利性医疗机构除外)在取得《医疗机构执业许可证》后，应当依法到民政部门进行民办非企业单位登记。”
上述法规明确了我国企业所得税。(３)对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税。(４)非营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。(５)对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
对营利性医疗机构的税收政策：(１)该机构取得的收入，按规定征收各项税收。但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构所取得的收入中直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，三年内给予下列优惠：对其取得的医疗收入免征营业税；对其自产自用的制剂免征增值税；对其自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税，三年免征期满后恢复征税。(２)营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。
5、机构终止业务后的处理方式不同。LoCalHOSt营利性医疗机构如经营不善而终止业务活动，投资者可以自行处置其剩余资产；而非营利性医疗机构在终止业务活动后，其剩余资产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。