在税务检查中，企业所得税的检查最为复杂。因其不仅涉及纳税人全部业务活动的账务处理，而且国家对影响该税种准确计算的相关政策调整较为频繁。故在对企业所得税作税务检查处理时，不仅纳税人往往持有争议，税务机关内部也常常存在分歧。但如能彻底查清事实真相，准确认定存在问题的性质，客观正确地进行归责，也就不难准确地适用现行有关的税收法规对查出的问题进行正确处理了。
纳税人在年度终了进行企业所得税纳税申报时，必须自行进行纳税调整，这是法定义务。从客观上看，纳税人自行调整的结果不外乎三种：一是对年度应税所得额作了准确调整，自然也就不存在承担法律责任问题。但这种情况在实践中极为少见。绝大多数是另外两种结果，即多作调整或少作调整。无论纳税人是多作调整还是少作调整，其主观表现也不外乎两种，即主观上有过错或主观上无过错。现实中有些税务机关在纳税人自行汇缴期过后进行税务检查时，发现纳税人少作了纳税调整但认定其该年度仍然属于亏损的，不考虑纳税人主观上是否具有过错，也不管其据以调整的数据是否真实存在，一律根据《中华人民共和国税收征收管理法》（以下称《征管法》）第六十四条第一款之规定按照编造虚假计税依据予以处罚，笔者认为这是不妥的。而应根据具体情况，结合主客观实际来确定纳税人应承担的法律责任。
主观上无过错多调整计税所得额的法律责任 纳税人多调整计税所得额，会导致多缴税款或少报亏损而可能造成以后年度多缴税款。在这种情况下，多缴税款的，税务机关应当根据《征管法》第五十一条之规定立即退还。少报亏损的，对其亏损额重新进行认定。LocALhOSt纳税人不承担法律责任。
主观上无过错少调整计税所得额的法律责任 纳税人少调整计税所得会造成少缴税款或多报亏损可能造成以后年度少缴税款。实践中，有时由于税务机关的原因、纳税人和主管税务机关对税收政策本身含义存在不同理解、政策发布不及时或追溯执行以及计算错误等原因造成纳税人少调整计税所得。在这种情况下，纳税人主观上是无过错的，故对其少调整计税所得从而造成少缴税款的，税务机关只能根据《征管法》第五十二条第一、二款之规定，要求纳税人补缴税款或追征税款并加收滞纳金；多报亏损的，应对其亏损额重新进行认定，而不能根据《征管法》第六十四条第一款之规定进行处罚。否则，就违反了行政处罚必须主客观相一致的原则。
主观上有过错多调整计税所得额的法律责任 这种情况在实践中比较少见，出现这一情况的原因往往是纳税人年度或累计亏损额较大，随意多作调整后仍然亏损或弥补亏损后计税所得额仍为负数，或是对政策了解不够，怕被查处少报亏损而故意多作纳税调整。导致这一结果的具体调整手段大致可分为两类：一是其据以调整的业务数据是账薄记载的真实数据，即在调整过程中，客观上没有实施编造数据继而编造虚假计税所得额的行为，亦即不存在虚列或者隐瞒收入，推迟确认收入，随意改变已发生真实费用、成本的确认标准或计量方法。只将不应作纳税调整增加的而故意作纳税调整增加额，应作纳税调整减少的而故意不作纳税调整减少额。并因此而造成多缴税款或少报亏损。针对这种情况，从法理上讲，应承担一定的法律责任。因为其主观有过错，且行为具有违法性（故意多申报也为税法所禁止）。但目前尚没有据以引用的法律依据。根据法无明文不处罚的原则，笔者认为，只能比照上述无过错多调整计税所得进行处理。二是纳税人胡编乱造有关数据进行纳税调整从而造成多缴税款或少报亏损。针对这种情况，笔者认为，应根据《证管法》第六十四条第一款之规定进行处罚。因为税法强调的是如实申报，故意编造计税依据系编造虚假计税依据的客观表现之一（当然不包括税法规定的预缴税款）。既然纳税人主观上有过错，客观上又实施了编造虚假计税依据的行为，当然要承担《征管法》第六十四条第一款所列的法律责任。只不过从该法条的立法目的及危害结果来分析，可以从轻、减轻或不予处罚。
主观上有过错少调整计税所得额的法律责任 纳税人少调整计税所得造成少缴税款的，包括自行调整后仍然亏损，但通过税务机关检查调整后并不亏损而应补缴企业所得税的，由于其主观上有过错，客观上采取了少调整计税所得即多列支出的手段，造成了少缴税款的后果。在这种情况下，即使纳税人存在胡乱调整即编造虚假计税依据的现象，也不能根据《征管法》第六十四条第一款之规定予以处罚，而应当根据《征管法》第六十三条第一款之规定按偷税处理；多报亏损的，即税务机关检查后仍然认定为亏损的，其应承担的法律责任因多报亏损的手段不同而应有所区别：如果纳税人故意少调整计税所得，但在其已作的纳税调整中，其据以调整的数据是真实准确的，亦即其所申报的计税所得额不是胡编乱造出来的，只不过对其他应作纳税调整增加而未作增加调整主观上具有过错而已。对此，笔者认为，不宜根据《征管法》第六十四条第一款之规定予以处罚。因为其客观上并没有实施编造虚假计税依据的行为，即缺少客观要件。而国家税务总局国税函[2005]190号文《关于企业虚报亏损适用税法问题的通知》第一、二条对虚报亏损强调了主观故意但对客观手段未作区分，规定只要纳税人故意虚报亏损就直接适用《征管法》第六十四条第一款之规定进行处罚；另一种情况是，如果纳税人在作纳税调整时，其据以调整的有关数据是杜撰而来即事实上是不存在的。在这种情况下，纳税人主观上有过错，客观上实施了编造虚假计税依据的行为，税务机关当然可以根据《征管法》第六十四条第一款之规定进行处罚。