权的物权变动模式采取登记生效主义。同一土地之上分层设立多项建设用地使用权时，各权利的取得和范围均取决于登记制度。而且，为避免权利人之间相互冲突，新设立的建设用地使用权，不得损害已设立的用益物权，权利之间孰先孰后也须以各自登记时间先后为判断基准。故登记制度对于分层设立至关重要。
但是，我国地下空间权属登记存在以下三问题：（1）地籍管理模式落后。我国目前主要采用二维地籍模式，即通过平面土地测量，借助二维关系划分各宗地彼此界限，在衡量单位上是以平方米来计算。而地下建设用地使用权登记时，不仅要登记土地四至界限，还要登记土地的上下空间，在衡量单位上是以立方米来计算。由于二维地籍不能全面地反映地块或土地权利的三维位置和三维边界，法律纠纷频繁产生，有待改进。（2）地下建筑物登记困难。实践中，一些地下建筑物因无法办理登记，权属不明，范围不清，时常引起权属纠纷，尤其集中于人防工程和地下停车场。而且，投资者也不能将其进行顺利转让、抵押，影响其投资积极性，阻碍了城市地下空间开发。（3）登记事项不全面。由于二维地籍表达自身特有的局限性，它们对城市建设在三维空间内的土地利用状况没有进行完全的登记、记载，对于城市地下空间建设日益增多的电缆、管道以及地下交通设施等建筑物和构筑物在宗地图和地籍图上没有或者记载不完全。[4]
2008年1月3日，国务院发布了《关于促进节约集约用地的通知》（国发[2008]3号），要求国土资源部会同有关部门，依照《物权法》的有关规定，抓紧研究制订土地空间权利设定和登记的具体办法。因此，为实现定分止争，达到物尽其用，构建科学和精确的地下建设用地使用权登记制度势在必行。
（四）权利冲突解决规则缺乏可操作性
土地立体利用的结果，必然导致同一土地之上出现数个用益物权并存局面。地下建设用地使用权和其他用益物权的并存主要体现为地下建设用地使用权和地表建设用地使用权同时存在于同一宗土地之上。根据二者的设立顺序，可以分为三种情形：一是同一宗土地上设立地表建设用地使用权后，再设立地下建设用地使用权；二是同一宗土地上设立地下建设用地使用权后，再设立地上建设用地使用权；三是同一宗土地上同时向不同主体设立地表建设用地使用权和地下建设用地使用权。地表建设用地使用权和地下建设用地使用权各自支配范围不同，并不违背一物一权原则。然而，不同主体的数个建设用地使用权的并存容易造成权利冲突。《物权法》第136条规定，新设立的建设用地使用权，不得损害已设立的用益物权。该规则确立的依据是物权的对内优先效力。按照物权的对内优先效力，物权之间的冲突应当按照“先来后到”的规则来确立其优先顺位，即“时间在先，权利在先”。[5]但是，该条过于原则，缺乏可操作性。若国家将土地地表出让给一方后，又将该宗土地地下空间出让给另一方，难免会损害既存地表建设用地权人的利益，是否需经其同意？地下建设用地使用权人造成地表建筑物损害时，由地下建设用地使用权人还是国家予以赔偿？应当通过何种途径予以救济？这些都未彻底解决，从而给法官适用带来困惑，故应细化和完善地下建设用地使用权和其他用益物权的并存时的解决机制。
三、建设用地使用权分层设立存在问题的矫正
（一）明确分层设立主体
城市地下空间设立的主体应是国家，国家可以先后或同时将地表或地下分别出让给不同主体，所有人之外的不动产利用人不可以其用益物权为基础设定地下建设用地使用权，理由如下：
首先，从所有权本质而言，所有权是所有人对所有物占有、使用、收益和处分的权利。土地在物理形态上包括地下层、地表层和地上层三层，是立体的三维空间。地下或地上空间当然是土地所有权人的支配范围之内。罗马法奉行所有权绝对主义，土地所有权，上及天宇，下及地心。只不过受限于当时技术条件，空间价值并未得到体现。《法国民法典》第 552条第1款规定：“土地所有权并包含该地上空和地下的所有权。”《日本民法典》第207条规定：“土地所有权于法令限制的范围内，及于土地的上下。”在社会主义土地公有制下，国家作为城市土地所有权人，不仅可以使用和支配地表，而且可以使用和支配地下或地上空间。城市地下空间设立的主体理应是国家。
其次，从地表建设用地使用权的支配范围而言，仅限于地表及地下一定空间。详言之，其可由“纵”、“横”两个维度加以确定，在“横”的方面应以建设用地的四至为限，在“纵”的方面限于地表以下一定深度的附属空间。地表四至容易确定，地下深度则颇为棘手。其范围过大，会影响地下建设用地使用权作用的发挥；范围过小，则会妨碍地表建设用地使用权人的土地利用。对建设用地使用权人的空间权的限制，可以有两种不同的方案：一是规定土地使用权人只能享有地上一定高度和地下一定深度（如30米）的空间权；二是以建设规划所确定的和土地使用权出让合同所约定的土地使用目的（土地用途）来限制使用权人的空间权。[6]笔者赞成后者，统一标准虽然容易操作，但我国幅员辽阔，地形多变，土地具体用途有别，一刀切过于僵化，应依城市规划许可和土地出让合同，合理确定其范围。正如有学者所言，应依个别具体场合的情事，妨害形态，并顾及到土地的位置，形状及一般的交易观念予以具体认定，而不可对一切土地作出同一的抽象性规定。[7]总之，国家并未将地下全部空间随同转让给地表建设用地使用权人。
再次，建设用地使用权人依法对国家所有的土地享有占有、使用和收益的权利，有权利用该土地建造建筑物、构筑物及其附属设施。《物权法》并未明文授予地表建设用地使用权人可以出让地下空间此项权能，其自然无权设立。若允许地表建设用地使用权随意将地下空间出让给他人，可能造成地下空间无序开发，导致国家财政收入的流失，对国家所有人不利。

（二）严格落实商业性地下空间利用出让方式
地下建设用地使用权和地表建设用地使用权只是客体范围不同，权利属性一致。各自的取得方式、使用期限、权利变动等基本规则也应当一致。《物权法》第一百三十七条规定：“设立建设用地使用权，可以采取出让或者划拨等方式。工业

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