、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地以及同一土地有两个以上意向用地者的，应当采取招标、拍卖等公开竞价的方式出让。严格限制以划拨方式设立建设用地使用权。采取划拨方式的，应当遵守法律、行政法规关于土地用途的规定。”据此，出让和划拨是在土地所有权与使用权分离的基础上设立建设用地使用权的两种方式，而且出让实现了土地资源的有偿使用和市场化配置，是主导方式。出让有招拍挂和协议出让两种方式，前者为主，后者为辅。因此，城市地下空间应依不同用途采取相应设立方式。对于诸如市政基础设施、地铁、共同沟等公共利益性质的地下空间利用，国家可以采取无偿划拨的方式；对于诸如商业街、娱乐场所等经营性的地下空间开发，必须采取出让方式。
当然，鉴于地下空间利用施工难度大，建造成本高，投资回报周期长，为鼓励和促进社会资金投入城市地下空间开发和建设，可以对土地出让金给予一定优惠。2008年1月23日，徐州市人民政府发布了《关于进一步加强节约集约利用土地的意见》（徐政发[2008]12号），指出：对经营性项目，免收基础设施配套费，土地出让金(除公开竞价外)依据基准地价，地下一层按50%收取，地下二层按20%收取，地下三层及三层以下免收。《杭州市区地下空间建设用地管理和土地登记暂行规定》〔2009〕86号第八条规定：“地下空间用于商业、办公、娱乐、仓储等经营性用途的，应依法办理有偿使用手续，其地下一层土地出让金按基准地价相对应用途楼面地价（容积率为2.0）的20%收取。面向社会提供公共服务的地下停车库和用地单位利用自有土地开发建设的地下停车库，可以划拨方式供地，但不得进行分割转让、销售或长期租赁；如分割转让、销售的，应办理有偿使用手续后，方可申请办理土地登记，其地下一层土地出让金按基准地价相对应用途楼面地价（容积率为2.0）的10%收取。地下二层的土地出让金按地下一层的标准减半收取；地下三层的土地出让金按地下二层标准减半收取，并依此类推。”因此，将来可以借鉴上述做法，建立土地出让金随深度加深的递减机制。
（三）建立统一科学的地下空间权属登记制度
我国目前没有统一的不动产登记机关，多头登记导致不动产交易登记成本的增加，给当事人带来极大的不方便，造成了房、地分别抵押和房产重复抵押的现象，严重影响了登记机构的公示公信力。《物权法》第10条第2款规定：“国家对不动产实行统一登记制度。统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。”统一不动产登记机关乃大势所趋。因此，不仅地下建设用地使用权和地表建设用地使用权应当统一登记，地下建设用地使用权和地下建筑物所有权也应当由统一登记机关登记。地下空间每一层作为一个独立宗地进行登记。地下建设用地使用权面积包括四周外墙厚度，并在宗地图上注明每一层的层次和标高范围。此外，登记簿内容应区别对待。同一主体结合地面建筑一并开发建设的地下工程（结建工程），地下部分随地表建筑一并办理登记。独立开发建设的地下工程（单建地下工程）应单独登记。
传统的二维地籍已难以满足土地立体化利用的需要，应当采取三维地籍对地下空间进行数据管理和空间确权。对此，有学者提出三种解决方案：（1）完全的三维地籍登记。这意味着引入三维财产权的概念。三维空间(领域)被细分为没有交叠或空隙的三维实体(或三维小块)。法律要素、不动产交易协议以及地籍登记应当支持三维财产权的建立和转让；（2）混合方案。这意味着保留二维地籍，并在二维地籍登记中通过登记三维自然物体进行三维状况的登记。这就形成了一种二维地块与三维物体的混合方案，维持了平面地块与三维物体的关系；（3）现行地籍登记体系中的三维注释。这意味着保留二维地籍，同时加上外部注释表明三维状况。最简单的方法是在登记中(管理登记簿与地籍索引图)贴上三维标签。[8]完全的三维地籍登记虽然形象直观，与三维空间实体在几何上的特征一致，但技术难度大，成本高。二维地籍加三维注释操作简易，实施成本低，可以作为权宜之计。
最后，应当扩大登记对象。登记事项不全面的症结在于我国地下空间的多头管理模式。目前，国土资源、城市规划、建设、电信、电力、公用、民防、公安消防、抗震、水利防洪、绿化、环保、水电、国防、文物保护等各行政管理部门分别对地下空间相关的开发利用行使管理职权。各部门按照各自的发展需要自行建设的地下建筑，缺乏整体性、协调性和系统性，从而导致长期重复施工。我国应当建立地下空间利用信息共享机制。登记机关不仅应将地下停车场、商业服务设施、物资仓储等经营性建筑物登记在册，还应涵盖市政管道、民防工程、地铁场站等公益性建筑物。
（四）构建地下和地上建设用地使用权之间的权利冲突解决机制
为调和地下和地上建设用地使用权之间关系，有两种立法例：（1）事先同意主义。《日本民法典》第269条之二规定:“(一)地下或空间，因定上下范围及有工作物，可以以之作为地上权的标的。于此情形，为行使地上权，可以以设定行为对土地的使用加以限制。(二)前款的地上权，即使在第三人有土地使用或收益权利情形，在得到该权利者或者以该权利为标的权利者全体承诺后，仍可予以设定。于此情形，有土地收益、使用权利者，不得妨碍前款地上权的行使。”台湾地区《民法典》“物权编修正草案”第841条之一就采纳该立法例。土地所有人必须经既存地表权利人同意，方可在该宗土地之上或之下设立区分地上权。（2）事后救济主义。我国《物权法》第136条规定，新设立的建设用地使用权，不得损害已设立的用益物权。依此，土地所有人无须经既存地表建设用地使用权人同意，就可以将该宗土地地下空间向他人设立地下建设用地使用权。如果后者造成前者损失，应予以赔偿。这其实是通过事后救济途径保护在先权利人。二者各有利弊。个人是自身利益最佳维护者，事先同意主义能够使既存权利人利益得到最大化保障，避免将来的权利冲突。但这也限制了土地所有人的权利行使自由，可能阻碍了土地资源的有效利用。
笔者以为，可以通过以下制度化解同一宗土地分层设立时建设用地使用权并存的矛盾：其一，赋予在先建设用地使用权

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