【企业只选择货币补偿方式，对农民今后的生计考虑不周。部分农民失地后大量涌人城市，由于缺乏劳动技能和专业知识，也没有相应的社会保障，若遇生病、上学等花光仅有的补偿金后，根本无法在城市激烈的竞争环境中生存下去，极易诱发社会不稳定因素。
第五，补偿法律程序不完善、欠缺司法救济。法律规定征地补偿方案由市、县政府土地行政主管部门会同有关部门制定后公告农民征求意见，但实践中对公告期间农民反映的问题和意见，制定者有的象征性地听取并略作修改，有的听之任之，极大地限制了农民对涉及自己切身利益的公共事务的参与权。而纠纷发生后，法院往往也以征地补偿案不属于民事案件为由不予立案，造成被征收人利益的严重损害，久之极易造成农民对司法、行政等国家公权力的不信任。
3．关于宅基地使用权问题。
物权法颁布后关于农村宅基地也存在有待解决的问题。在宅基地的审批过程中，农民集体没有对宅基地的处分权，这与农民集体的所有者地位极不相称；另外，也没有赋予农民集体对宅基地使用的监督、管理权。此次立法没有完善农民的宅基地使用权，应允许其买卖、抵押等并且要给这些行为一定的限制，例如宅基地的使用权只能归本村居民所有，那就意味着通过其他途径获得本村宅基地使用权的外村人只能将它转让给本村居民，但要遵循等价有偿原者则，不得强制将其收回。完善制度建设，既然城市由房管局，农村也应建立相应的管理机关，主管农村的建房，宅基地的申请，使用和转让和收回。现在虽然乡镇有土地办，但发挥的作用不大。另外，物权法没有正面回应城镇居民购买农村宅基地问题、宅基地抵押问题等现实生活中争议的焦点。LOcAlhoST
随着我国建设社会主义新农村历史进程的加快，农村生活中有关土地权利的纠纷困境不单单是一个法律的问题，更是一个时代的问题。不真正解决好这个问题就不能顺利建立社会主义新农村，建立和谐社会。为此，完善我国农用土地立法，采取积极稳妥的方式切实保护土地资源，保护农民的合法权益。应根据新颁布的《物权法》，结合《土地管理法》确定农民的土地使用权。将农用土地的保护纳入到法律调整的轨道上来，真正做到对农用土地的保护有法可依，有章可循。