企业并购作为21世纪投资的重要方式，在全球企业并购的中介机构，二者在某些方面存在交叉和协作。但是，需要特别注意的是因两者的调查范围不同，两者对同一事实调查角度也不同，需要彼此相互密切配合，取长补短，否则容易在以下方面产生调查缺陷：
财务人员做财务调查时，对所涉及的法律问题不敏感，或者不善于主动寻求律师协助。例如测算核定目标企业利润时，该目标企业是依据委托加工合同生产并收取贴牌费，进行财务调查时没有什么疑问，但事实上这个委托加工合同在法律上存在的合法性是受到质疑的。如果财务人员不能寻求律师协助识别这个风险，那么对目标公司未来的利润预测的可信度将大大降低。
同样，律师对公司经营、业务和财务领域中的法律问题和法律风险也可能不够敏感或不熟悉，在调查范围和调查方法上设计有缺陷，极有可能导致调查结果的不准确。部分调查工作的性质兼具法律和财务性质，工作范围划分不明确。例如，应收账款的准确性应由会计师负责审定，产生这笔应收账款的销售合同的合法性由律师审核，但对合同的真实性由谁负责向第三方核实则存在争议。
正确把握法律尽职调查与财务尽职调查的关系，有效发挥总协调人的作用及强化各个调查小组负责人的协调意识，是化解这些风险的最好办法。
(二)不了解并购真实目的
任何交易，都有其交易目的。这些交易目的或动机，有些是可以通过与收购方的管理层座谈了解到，有些可能了解不到，或不能亲自得到管理层的首肯，需要做尽职调查人员根据交易行为做出独立的商业判断，根据这个判断，再结合尽职调查结果，帮助收购方取得主动。LocALhOsT如果忽视了并购真实目的，而作尽职调查，很可能对并购后的收购方带来致命缺陷。在这一点上，无论是财务、法律还是其它方面的专项调查，都有可能产生缺陷。
在尽职调查实践中，曾经有过这样的先例。尽职调查人员被告知并购的主要目的是通过收购目标公司，补充自己的产品系列，提高产品市场占有率。法律尽职调查人员认为目标公司合法成立，有效续存，法律地位明确。技术调查人员认为目标公司技术先进，产品质量稳定可靠。财务调查人员认为目标公司产品盈利能力强，有市场空间。以上调查都表明此次并购能够成功实现并购目标的可能性很大。但事实上，收购公司的真实目的是利用目标公司的现有销售渠道，推销一种新型产品。收购公司之所以不愿透漏其真实交易目的，是因为收购公司担心一旦这个目标被泄漏后，目标公司会提高价值谈判砝码，所以保守了这个秘密。但实际上，目标公司的现有销售渠道根本不适合推广其新产品，造成了以后的并购失败。
由此可以看出，出于种种原因考虑，收购公司不一定告知尽职调查人员真实并购目的，或者也可能不清楚并购目的。这就要求尽职调查人员对收购及被收购方双方的商业模式有所研究了解，帮助收购方分析其并购目的，或根据双方交易特点，独立判断出交易可能目的，对收购方将来可能遇到的各种风险做出提示。
(三)不理解商业运作模式
无论是财务尽职调查、法律尽职调查，还是营运运作尽职调查，都需要尽职调查人员很好地理解被调查目标公司的商业模式，运作方式及行业特点，特别是目标公司商业运作模式存在的合理性、特殊性及其存在的潜在可能的变化及导致这些可能变化的原因。因为，单独从法律角度来看，目标公司可能不存在问题，但一旦被放在特殊商业模式下则可能产生问题。反之，目标公司目前存在某些问题或劣势，但如果放在整个商业模式背景下考察，可能不是问题或劣势。其它单项尽职调查，如财务尽职调查、技术尽职调查，也都存在同样问题。
在尽职调查实践中，曾有过这样的案例，目标公司是一家企业的产品独家代理销售公司，在财务尽职调查中，认定其利润收入稳定可靠；市场尽职调查中，认定其网络真实可靠；同时法律尽职调查中认定其网络有可靠的长期稳定合约作保证。一切调查都表明目标公司可以依靠其基于合约维系的网络，获取稳定的利润。但事实是整个网络并不是依托所看到的合约来维系的，而是靠其代理的产品维系的，产品的供应决定了整个网络及目标公司的利润。如果不能从这个商业运作模式中发现问题，那么可想而知，以后对目标公司的价值评估及谈判，合约的签订都可能会对收购公司产生不可估量的损失。
为避免此类风险的发生，首先依靠投行有效发挥总协调作用同时也要注重各个专业尽职调查小组负责人发挥总协调作用。最重要的是，收购公司作为行业内人士必须亲自参与，把各个关键问题放在整个商业模式下通盘考虑。