政府部门的指导、村集体经济组织的限制本应无可厚非，但是，由于实践中对土地承包经营权的性质认识不清，对相关制度口家庭联产承包责任制认识不清，导致权力与权利及权利之间的界限模糊，造成在实际操作中的政府部门、村集体滥用权利，侵害农民利益。
2．4农民集中居住和宅基地流转过程中对农民权益的伤害
在这一过程中忽视了农民的土地权益。一是农民集中居住后节约出来的大量土地，依照《土地管理法》应该属于农民集体所有，农民对宅基地拥有使用权。但在实际操作中，这部分土地的所有权性质难模糊不清。二是地方政府收走农民的宅基地，基本没有补偿或者补偿很少，这损害了农民的利益。三是加重了农民负担。拆迁农民房屋的补偿标准都低于安置房的价格，农民购买相同面积住房资金大大增加。四是减少了农民收入。对于城郊农民，房租收人曾经是农民家庭收入的主要支柱，即所谓“房东经济”，有的城郊几乎每个家庭都会以出租房屋补贴基本生活。集中居住后，这些农民的房租收益可能落空。五是这些土地用于工业和商业用地，必然大大升值，但是升值所得收入农民却难以得到．
3新农村建设中土地流转的对策思考
3．1建立保障农民集体土地所有权的长效机制
当前我国农村土地问题最危险的问题是忽视甚至不承认农民对于集体土地的终极所有权，这是导致农民土地权益长期得不到有效保障的根本性原因。因此，从制度和体制上确立农民的集体土地所有权，是建立农民土地权益长效保障机制的最首要问题…。
首先，必须进一步确立农民是农村集体土地所有权主体的观念。中华人民共和国宪法、有关土地法规都明确规定“农村土地属于农民集体所有，农户在承包期内拥有土地使用权、经营权和处置权”。于2007年10月1日起施行的《物权法》对维护农民土地权益提供有力的法律武器。《物权法》对土地权利的规定，既有对现行法律制度和政策措施的肯定和继承，更补充了不足的方面。它完善了不动产统一登记制度和土地征收补偿制度，构建了以土地所有权、土地承包经营权、建设用地使用权和宅基地使用权为主要内容的土地物权体系。要纠正只强调农民土地承包经营权而忽视农民的土地所有权的倾向。有人认为，农民集体的概念鉴定不完善，不能将其具体到个人。实际上依据有关的土地法规规定：农民集体所有的土地依法属于村(或村民小组)农民集体所有。据此，农民集体的边界非常明确、具体。其次，以股份合作制形式把集体土地的所有权明晰到村全体成员，从体制上理顺集体经济组织与农民的土地财产关系，这就为解决保护农民正当土地权益提供了依据。再次，建立体现农民所有权的土地股份合作社，即将全部集体土地量化到农户，建立以组或村为基本框架的农民土地股份合作社，从制度上保障农民对集体土地的所有权。如制订农民土地股份合作社章程。在建立农民集中居住区和撤村并村过程中，确立起农民对集体土地的永久所有权，严格实行“并村不并社”。

3．2逐步完善有关法律法规
要尽快制定出台农村土地承包法实施办法，增强这部法律的可操作性同时，要适应发展农村基层民主和社会主义市场经济的要求，对土地法、村民委员会组织法等有关法律进行修订建议在立法时对实践中经常遇到的下列问题加以明确：1．关于农村集体土地所有权。目前，农村集体土地的所有权仍然是人民公社时期“三级所有、队为基础”的构架，产权不够明晰，鉴于绝大多数集体土地的所有权由村民小组行使，为防止乡镇政府和村级组织侵害农民的土地权益，建议在法律上统一规定农村集体土地所有权一律归小组所有，并依法由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权；2．关于农村集体经济组织成员。依照法律规定，本集体经济组织的成员平等地行使承包土地的权利，并基于土地承包经营权享有取得征地补偿收益的相关权利；3．关于土地调整。对属于自然灾害严重毁损等特殊情况、允许农户承包耕地作适当调整的，应作出特殊情形的具体界定，以便操作。除此之外，不得再以任何理由调整土地；4．关于国家征地。根据宪法和法律规定，国家对集体土地的征用必须符合公共利益，必须征得同意后才能使用。但是，实际上非公共目的的征用还是存在的。因此应在法律上对公共目的和非公共目的进行区分，并相应执行不同的土地征用补偿办法。对于公共目的的征用，应调整补偿办法，适当提高补偿标准；对于房地产开发等非公共目的的征用，要运用市场机制形成征地价格，保护农民的土地收益权。
3．3完善征地补偿办法，建立被征地农民的安置、失业与基本生活保障的长效机制
推进工业化、城镇化进程不能以牺牲农民利益为代价。为此，要对失地农民进行公正补偿，即安置补助费的项目、金额应当能够保障失业农民在生产、生活、教育等方面的必要支出，在保障原来水平的基础上更高于原来水平。
完善征地补偿和被征地农民基本生活保障办法。一是提高征地的安置补助费，二是改变“以土地换保障”的失地农民安置方式，失地农民的失业保障基金和再就业、创业资金可以是其全部土地补偿费和安置补助费作为。而不必担心再就业资金问题。失地农民的基本生活保障资金应主要来源于政府的土地出让金和用地单位提供的资金。
创新土地征收安置模式。允许采取“留用地”办法，将规划确定的建设用地范围内一定面积的建设用地安排给集体经济组织，用于发展和壮大村组经济。建立各种物业设施，并以股份的形式把资产量化给集体经济组织和农民，使被征地较多的村和失地农民获得长期得益的保障机制。
3。4对政府部门、村集体和承包人在土地承包经营权流转过程中的角色进行科学定位
在土地承包经营权流转中，政府部门、村集体之所以侵害承包人的利益，根本的原因就在于三者对于分工没有进行科学的安排。具体而言，三者的分工应是：①对于承包经营权人，除转让需经发包方同意外，其他方式的流转由其自己决定，并作为签订流转合同的主体与对方按照相关法律法规进行协商。②对于集体经济组织，如村民小组，一是要直接对本集体经济组织内部土地承包经营权的流转进行监督，发现有违法现象，提

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