实行以家庭承包经营为基础，统分结合的双层经营体制，是我国农村的基本经营制度。而长期稳定并不断完善这种经营制度，核心和关键在于保护土地承包经营权，赋予承包农户长期稳定而完整的土地使用权，搞活土地承包经营权的流转，发挥土地最大的经济效益。各地在这方面做了许多卓有成效的工作，对于调动广大农民的积极性，实现社会和谐发展，起了积极的推动作用。然而，在一些地方，也存在侵害农民土地承包经营权，妨碍土地依法流转的现象。
首先，在国家实行宏观调控政策，采取最严格的耕地保护制度，控制非农建设用地的大背景下，个别地方对非农建设用地，采取“以租代征”的办法，即以流转租地为名，在用地单位与土地发包方和承包户之间，签订租地合同，租金大大高于正常征地水平，租期大大超过承包期的剩余期限。个别用地者还与村干部串通一气，强行租用农地，并将其改作非农用地。严重影响国家对耕地的有效保护和宏观调控政策的贯彻落实。
其次，为保护农民的土地承包经营权，《农村土地承包法》明确规定：“承包期内，发包方不得收回承包地。”然而，有的地方在二轮土地承包政策落实以后，发包方任意变动承包地，导致承包户《土地承包经营权证》上登记的承包地，与实际使用的承包地互不相符，有证的没有地，有地的没有证。最后导致大片耕地抛荒，土地流转无法进行。有的在二轮土地承包时没有预留机动地，不是实行“增人不增地，减人不减地”，而是实行几年一次的土地“小调整”，打乱了原来的土地承包关系，有的承包户之间因调整土地，互毁青苗，严重妨碍当前生产。有的违法强行收回外出务工农民、进城落户农民、户籍迁入大专院校工作不包分配的大学生的承包地。LocalhOst更多的是剥夺、侵害妇女依法享有的土地承包经营权。
第三，土地承包经营权的流转，必须在“平等协商、自愿、有偿”的原则下，依法有序进行。但土地流转不规范的现象极为普遍。转包合同多数是口头商定，没有书面协议，为引发土地纠纷留下隐患。有的地方对土地承包经营权的流转不是采取平等协商的方式，而是由村干部擅自采取“反租倒包”，即由发包方干部向承包方以统一价格租来土地，然后转包给用地者。这种做法损害了土地承包经营权流转的主体即承包方的权利。
第四，国家宏观政策环境的变化改善，给土地承包经营权的流转，也带来了一些新的矛盾。如有的农户前几年因从事二三产业或外出打工，把承包地转包给他人耕种，农业税由转入户承担。近来免征农业税后，承包户提出提高“转包租金”的合理要求。更普遍的是免征农业税后，种粮效益明显提高，原来认为种粮不赚钱而转包承包地的，也想加入种粮行列，合同中期要求收回承包地，于是，增加了土地承包经营权流转的纠纷，给发展农业适度规模经营带来了负面影响。
农村土地承包经营权，之所以经常受到侵害并且得不到有效遏制，一个重要原因，就是对农村土地承包经营权物权的性质没有明确。物权是对物直接管理并排除他人干涉的权利，属于财产所有权的范畴。赋予土地承包经营权为物权，承包方对承包地享有占有、使用、收益和承包经营权流转等权利。物权是土地承包经营从确定承包权属到生产经营、流转处置直到承包终止乃至续包的全过程都实行保护。拥有物权的承包农户是土地的真正主人。因此，广大农民迫切期望在实行《农村土地承包法》、《土地管理法》、《农业法》等法律的基础上，以法律或法规形式，把土地承包经营权作为物权性质加以保护。
建立市场化的土地承包经营权流转机制，通过中介服务机构办理土地承包经营权的流转事项，促使土地承包经营权“自愿、有偿”依法有序流转，是稳定完善农村土地承包关系的一条重要措施。有条件的地方可以建立承包地流转介绍所、服务站等中介机构，为土地承包经营权流转发布信息、提供交易场所、办理流转手续，规范合同内容。同时，还应建立处理土地承包经营权流转中纠纷的仲裁机构与诉讼法律援助机制，以物权方式调处矛盾，确保土地承包经营权健康有序地流转。