村民自治是继农村实行家庭承包责任制后在农村*体制改革上的一个伟大创举为,推进农村民主化进程,加速农村的发展起到了积极的作用。但随着农村改革开放进程的进一步深入，农村家庭经营承包责任制的实施过程中的新问题、新矛盾也随之逐步暴露出来，村民自治组织的运作机制和管理方式的滞后与不断的发展农村社会经济形势；村级赤字和村级债务的重压；村级班子涣散，干部责任心不强和村民自治成员混杂和村民自治阻止效益低下等问题在改革过程中逐渐暴露出来，并逐步演化成制约村民自治组织正常运转的障碍。
一、农村经营方式的转变与管理功能转型的不匹配，导致村民自治组织的运作机制和管理方式的滞后，影响了村民自治组织的协调与统筹效能。随着家庭经营经营承包责任制的实施，农户成为相对独立生产经营者和利益主体。农民从对村级组织的人身依附的禁锢中解脱出来，获得了生产的自主权和择业的自由权，农民也从强权体制下的愚忠和盲从变得更加理性。计划经济体制下的农村党支部和村民委员会，一言九鼎的、传统的、行政命令式的运作机制和管理方式，已不适应农村经济、社会发展的新形势和新需求，村级组织的权威性受到挑战。首先，思维方式不适应。现在村民组织组织的运作方式仍囿于上传下工作思路，思考的出发点，不是如何去发展农村经济，改善民生条件，而是把考虑如何去完成上级任务作为第一要务。发展粮食生产，调整产业结构，解决农村中出现的问题，不是用市场经济的规则和法律的手段去考虑，而是习惯于计划经济和行政命令的管理手段。在生产环节上，大包大揽；在结构调整上，求新、求奇、求全，热衷于办样板工程，搞政绩板块，导致产业结构雷同呆板，产品积压滞销。LOCaLHOsT既招来民怨，又劳民伤财，进一步离间了农民与村级组织的关系。其次，管理功能不配套。农村实行家庭承包经营后，农民对村级组织的需求，不仅仅只限于种什么？怎么种的问题，而需要的是农业新技术的指导，同时也对生产和销售信息的快捷和方便等服务上提出更高的要求。但目前村级组织的大部分精力仍停留在完成上级下达的各种经济责任指标、人口计划和各种达标检查上。即便是负责任的村级组织，由于他们的思维定式和行为方法仍然是计划经济体制下的产物，所能给农民提供一些帮助，也大多是通过上面会议传达的常规农业技术和大渍大旱时的短暂的排灌帮助。村干部对于组织农产品输出，提供市场商机，却无可奈何，无助于农业增效和农民增收。有的村组织干脆什么也不做，一心为上级意图而动，招致农民的极大反感。其三，村民自治组织的工作透明程度不高。现在大多村级组织的工作程序仍不规范，还是计划经济体制下的一言堂的做法。村里的大小事务，仍是以村支部书记为首的少数几个人说了算。既不征求村民的意见，也不公开办事程序和结果。特别是像农村财务状况，这些与农民个人利益息息相关的大事，也少有公开。即使公开，也是避重就轻，流于形式。像农民关注的村提留、村级积累的使用情况、计划生育罚款、村集体自留土地承包费的收支、村农用电费、水费的收支等方面的透明程度很低。致使村级财务混乱，村干部贪污、挪用成风。既败坏了党的形象，又损害村级基层组织的威性，伤害了农民与村级基层组织的关系。其四，运作机制不协调。现在村级组织运作机制仍然沿袭传统的模式，即村党支部对上级组织负责，村民委员会对村党支部负责，村民议事会对村民委员会负责。特别是村民委员会作为村民自治组织，既要为村民提供生产和生活上的便利条件和优质化的服务水准，又要完成上级交办的经济责任指标和社会性的事务，还要受制于村党支部的全方位的领导。对谁负责？由谁任免？法律规定与实际操作存在距离。按村民自治条例，村民委员会只对村民的事务负责，对其他事务只是协助。对它的任免，也只限于村民代表大会。但实际上村民委员会的主要精力仍用于应付上级下达的任务，村委会干部的任免，也操纵与上级组织部门。村民自治也就形同虚设。这样容易造成责权不分，职权不明。有罢免权和监督权的村民和村民代表大会，由于现行体制因素，使他们的罢免权和监督权无形中被虚化,而人为地转移到上级权力部门。失去村民和村民代表大会制约的村民委员会，也就把对村民的使命感和责任感抛置脑后。这种运行机制的错位，使村民与村级组织的关系不断疏远，加之有些村干部在对待村民的合理要求上态度简单粗暴，更加大了村民对村级组织的反感情绪，增加了村级组织的工作难度。
二、农村集体经济的瓦解和传统资金运作方式的破坏，导致了村级赤字和村级债务的增加，影响了村民自治组织的行政效率。农村改革开放后，随着家庭承包经营责任制的全面实施，分光、用光、花光的“三光”政策，使辛苦三十年积攒下来的农村集体经济一时之间土崩瓦解，使大多数村的村级积累荡然无存。在上世纪八九十年代，为加速农村经济、社会事业的快速发展，村集体为此付出了沉重的代价，背负了巨大的债务包袱。如：为发展村集体企业，不顾实际，一哄而上地兴办乡镇企业。雷同的产业结构，低水平的加工产品，最终抵挡不住市场经济的冲击，风光十年，便销声匿迹，留下的是一堆破铜乱铁和沉重的债务包袱。为确保全国性的普九验收过关，各地村级组织不惜民力，村村兴修高标准的教学楼。最后因生源不足，学校财政包袱过重，学校进行合并重组，很多花巨资修建的村级教学楼有的变成了鸡舍、猪圈，有的风吹日晒破败倒塌，大多村为此付出不少于10万元债务的代价。为突出领导政绩，在农村产业结构调整上，做样板工程，办花园景点。产业结构低水平的重复，造成大量的农产品积压，农民怨声载道。迫使农民将产品堆满乡村两级办公地点，冲抵税费和承包款，使乡镇本来就短缺的税源又留下一个大窟窿。乡村干部为填补这一窟窿，只好高息借贷，最后全都变成村级债务转嫁到农民头上。既增大了村级债务包袱，又加重了农民负担。在村级道路、农田水利和电网设施等升级改造上，贪大求洋，出现半拉子工程，劳民伤财。而目前正在全国推广的农村税费改革，为减轻农民负担，取消了面向农民直接收取的三项提留和五项统筹，掐断了村级资金来源渠道。国家在打破了原有的

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