判决、裁定有误而要求人民法院或者人民检察院进行审查处理的一种请求，在理论上一直被看成提起审判监督程序的材料来源，而未作为诉权来对待，因此，很有必要改造申诉制度，让其成为申请再审之诉。为了避免不必要的申诉，应发挥律师在再审程序中的作用，建立律师代理申诉制度，即申诉原则上应由律师代理。
《若干意见》对申诉规定了期限，但对抗诉未作期限限制。笔者认为，抗诉应以《若干意见》规定的申诉期限为准。具体来说，不利于被告人的抗诉期限一般为无罪裁判生效后或者刑罚执行完毕后两年内；两年后被害人向检察机关提出具有应当再审情形的申诉且属于疑难、复杂、重大案件的，人民检察院应当抗诉。在实践中，检察机关提出有利于被告人的抗诉极少发生，但在理论上还是应当赋予检察机关提起有利于被告人的抗诉权，而且检察机关提出有利于被告人的抗诉不受期限限制。
（三）申诉、再审应由终审法院的上级法院受理、审查、审理，同时应撤销审判监督庭
关于申诉的管辖法院，《刑事诉讼法》未作规定，最高人民法院的司法解释都规定，申诉应向终审人民法院提出。关于再审的管辖，根据《刑事诉讼法》的规定，人民法院依照审判监督程序对已经发生法律效力的判决、裁定重新审判有再审和提审两种情形。其中，再审是指作出生效判决、裁定的人民法院根据本院再审决定或者上级人民法院的再审指令对案件重新审判的程序；提审是指最高人民法院对各级人民法院、上级人民法院对下级人民法院已经发生法律效力的判决、裁定发现确有错误，或者接受同级人民检察院的再审抗诉后，直接调取原审案卷和材料并组成合议庭对案件进行审判的程序。据此，按照审判监督程序审判案件的法院，既可以是原审人民法院，也可以是提审的任何上级人民法院。
笔者认为，申诉应向哪级哪个法院提出关系到申诉能否受到公正的审查和处理。由终审人民法院受理、审查申诉以及由原审人民法院进行再审，固然有便于就地复查证据、核实案情以及传唤当事人和其他诉讼参与人出庭的优点，但是其作为救济程序的功能将大打折扣。正如最高人民法院审判委员会委员、审判监督庭纪敏庭长指出的：“审判监督工作面临的形势，如果用最简单的话来表达就是一个字：‘难’。表现在以下几个方面：一是难在对本院生效裁判的监督上；二是难在对本院生效裁判监督过程中一些人际关系的处理上；三是难在其他审判庭对审判监督工作不理解，甚至不支持；四是难在人民法院的国家赔偿确认工作由审判监督庭负责，本院其他庭做了违法的事情，由审判监督庭负责确认，确认的对象不是那个庭，而是所在的法院”。（注：《最高人民法院审判委员会委员、审判监督庭庭长纪敏在云南省审判监督工作会议上的讲话》，载沈德咏主编：《审判监督指导与研究》第8卷，人民法院出版社2003年版，第7页。）事实上，终审法院驳回申诉或者未能依法改判的，当事人虽可以向上一级人民法院再行申诉，但徒增讼累，势必降低诉讼效率，且不当限制了申诉权。为此，理想的方式是申诉、再审由终审法院的上级人民法院特别是高级人民法院、最高人民法院进行审查与审理（原则上逐级申诉）。（注：需要明确的是，在一些法院，一旦案件被改判，即被认定为错案，从而影响法官的福利待遇，这是不符合认识规律以及诉讼规律的。笔者认为，只要不属于法官徇私舞弊、枉法裁判或者有明显过失的情形，就不应该认定为错案。）需要特别指出的是，这种改革的意义还在于，它使得各级人民法院设立的审判监督庭从根本上失去了存在的必要性，因为再审案件完全可以由上级人民法院的刑事审判庭审理。为此，可撤销审判监督庭，从而更利于集中各级人民法院的审判力量，整合审判资源，在纠正下级人民法院错误裁判方面发挥更积极的作用。
此外，根据《刑事诉讼法》的规定，按照审判监督程序审理案件应根据原来是第一审案件或第二审案件而分别依照第一审程序和第二审程序进行。笔者认为这种区分意义不大，没有必要，（注：参见陈卫东：《刑事再审一审终审制改造》，《法学家》2000年第4期。）应结合并适应救济程序的特点，在实行上级法院再审改造后，实行再审一审终审原则，即再审人民法院再审后作出的新裁判立即生效。
（四）建立特定情形下刑罚不执行制度
刑罚不执行，是指再审后作出的不利于被告人的新判决并不实际执行的制度。在日本，非常上告是以违反法律为理由请求撤销已经确定的判决或者该诉讼程序，其目的是统一解释法律。检察总长在判决确定之后发现该案件的审理违反法律时，可以向最高法院提出非常上告。法律解释有错误而不利于被告人时，可以撤销不利于被告人的判决，因此非常上告具有救济被告人的机能。非常上告的判决，除《日本刑事诉讼法》第458条第1项但书规定的情况（指原判决不利于被告人的撤销原判决，对案件重新作出判决）以外，其效力不及于被告人。（注：参见［日］田口守一：《刑事诉讼法》，刘迪等译，法律出版社2000年版，第323-324页。）
在我国，根据《解释》第312条的规定：“再审案件经过重新审理后，应当按照下列情形分别处理……(2)原判决、裁定认定事实没有错误，但适用法律有错误，或者量刑不当的，应当改判。按照第二审程序审理的案件，认为必须判处被告人死刑立即执行的，直接改判后，应当报请最高人民法院核准。(3)应当对被告人实行数罪并罚的案件，原判决、裁定没有分别定罪量刑的，应当撤销原判决、裁定，重新定罪量刑，并决定执行的刑罚……”上述规定是正确的，是维护法律统一的需要。但如果新判决不利于被告人时，则可以不予实际执行。这一方面是因为，上述适用法律错误等情形是法官的责任，不应让被告人承担不利的后果；另一方面是因为，被告人的刑罚可能已经执行完毕，再执行新的判决将扰乱社会关系，不利于被告人生活秩序的稳定，也不经济

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