与全国人大和全国人大常委会作为立法机关行使的立法权，在地位上大体相当，正是这种并无实质意义但形式上的差别，提升了国务院即中央人民政府在国家权力结构中的法律地位。表现于外的国务院与全国人大常委会的法律地位相当，两机关首先是职级平等，即通称的“国家级”。这种权力结构上的设计的结果之一，就内在地造成了行政强势的国家地位。再从司法机关方面看，受西方传统司法独立的潜在影响，以及对西方三权分立体制的警觉，在司法权和司法机关的设计上，采取了两大构想，一是把司法机关纳人全民代表大会体制内，使法院机构设立和法官的选任都成为各级国家权力机关职权内的事，从而保证法院成为各级国家权力机关派生的机关，同时规定司法机关独立行使司法权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。细察之下，这种结构上的安排，即司法机关不独立，而司法权独立是与立法权、行政权内在地与最高国家权力机关合而为一的状况，是有差别的。二是将司法权和司法机关一分为二，即把司法权分解为审判权和检察权，与此相适应，分别设立人民法院和人民检察院各自行使审判权和检察权。为区别中国检察权与西方一般检察权，中国检察权限定在法律监督这一特定的司法环节上，宪法为此将人民检察院定性为国家的法律监督机关。在这样的权力结构设计中，势必会形成“弱司法”的地位。现实的最高人民法院和最高人民检察院及它们的首长在行政级别上相当于国务院属下的部、委级，而相差国务院整整一个职级，就是这种“弱司法”的外在反映。
传统文化上的“尊上卑下”的心理影响，以及权力结构设计、法律规定上的局限，使得国家司法机关既不能超级监督上级行政机关的抽象行政行为，也难以监督平级乃至下级行政机关的抽象行为。这就是造成目前行政司法监督困局在国家权力结构上的根本原因。
2．在观念上对司法权和司法机关的重要地位和功能缺乏必要的深刻体认。在中国两千多年的封建专制统治中，司法一直作为治老百姓的暴力工具站在人民的对立面，人民从长期的体验中铸就了仇恨和远离司法的社会心理。在人民建立了自己的政权，以主权者的名义掌握司法权之后，这种社会心理也难以在短时期内消除；再加上近些年来常为人民诟病的存在于司法队伍自身上的各种有失公正和令人窘迫、汗颜的状况，由于长期得不到彻底治理而在一定程度上失去了人民的信赖，相应地也挫伤了司法机关和法官们的自信心。这一切都在一定程度上损害了中国司法机关的权威。除此之外，司法自身所具有的职业特征得不到应有的尊重，对于失矩的一些纯属法律上的行为缺乏必要的宽容，也使司法机关和法官对包括行使行政司法监督权在内的司法行为畏首畏尾，瞻前顾后，也影响了包括行政司法监督在内的职业效能的发挥。
一个科学配置的权力结构体系，配上一个独立的司法机关在不受任何干预的社会条件下行使司法权，一向被西方法学界视为宪政的“精髓”。中国的司法机关在国家的政治法律生活中，重要地位和价值，{2}还远远没有被认识，一些纯粹的司法行为也不必要每每放在政治的天平上去称一称。像一些基层法官直接引用宪法进行判案，如果认为不妥，采取措施加以纠正就是了，大可不必作出过度的反应。
3．对包括行政监督在内的法律监督和宪法监督理论研究不够深入。在三十年前的改革开放之初，中国的法律理论研究是在一片荒漠地带起步的。随着改革开放的不断深入，特别是随着一九八二年宪法的颁布与实施，在中国法学界，包括宪法学界就宪法监督、法律监督、宪法的直接适用与间接适用，宪法监督机制的完善与建制等问题，一直是法学特别是宪法学研究的热门话题。到了20世纪末21世纪初，围绕着宪法能否和怎样司法适用问题，又进一步掀起了一场研究热潮，争论也相当激烈。从学术研究的意义上来说，这是有助于法学和宪法学研究兴旺发达的一个大好契机，在中国的法学和宪法学研究史上，必将留下浓重的一笔。
然而，就围绕宪法是否能够或应该能够司法适用问题上，却在理论层面上产生了严重的分歧。大致上可以分为“挺适用派”和“反适用派”，也有一些居间的折中意见。“挺适用派”认为，宪法也是法，是法就应当和能够司法适用。在中国，无论宪法上的规定、各种法律规范，以及重要的执政党文件和国家领导人的讲话，都找不到司法机关不能适用宪法判案的根据；而实际上不断出现的直接引入宪法判案的案例以及最高人民法院所作出的相应的司法解释或批示意见，从实践方面支持了宪法可以直接作为包括行政审判案件的依据的学术意见。{3}“反适用派”则认为宪法是国家的根本大法，其基本性是政治法，因而不适用做法院审判案件的依据，又因为宪法“太抽象”，也不宜用做法院审判的依据。司法审判主要是依据相关法律，有了相应法律的依据，就能满足案件审判的合法性要求。值得提出的是，在“反适用派”中有一种颇为极端的见解，认为查遍整部宪法，都没有“司法”一词。事实上，“当年在宪法起草过程中，曾明确拒绝使用’司法’一词。这在较大程度上同我国不采用西方’三权分立’体制的指导思想有关。今天如果不问缘由，倡导所谓”宪法司法化“，草率地用那曾为宪法所拒绝的’司法’去’化’宪法，那是同宪法起草的原意背道而驰的，是对宪法的不尊重”{4}而折中的意见大体上认为不应当对此采取“是”或“非”的简单判断，应依实际情况进行具体、深入地分析。
学术见解往往能够成为政治决策的先导，由于“反适用派”的学术意见适合了特定的政治意向，故在学术份量上占有优势。而“挺适用派”包括较多的学术精英，也形成了较大的学术影响。
4．行政法和行政诉讼法教育滞后。在现行的法学教育中，如果不算行政法，至少行政诉讼法的教育在整体法学教育，特别是在诉讼法的教育成为最薄弱的环节。在现时的诉讼法教育中，通常只安排刑事诉讼法和民事诉讼法的教学课程，而行政诉讼法依然在行政法学中进行教学，所安排的学时有限，很难使学生通过教学全面掌握包括行政司法监督在内的基本和系统的知识。而相关教材的编写也存在不同程度的知识老旧、与实践脱节的现象；而大专法律院、系的本科生和研究生的实习也基本上流于形式，使学子们在实习期间基本上得不到

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